Cabe dividir los manuscritos del Mar Muerto en dos grupos: textos bíblicos y textos no bíblicos. Entre el veinte y el veinticinco por ciento de los documentos son textos bíblicos.

Están representados todos los libros de la Biblia hebrea, al menos por un fragmento, excepto el Libro de Ester. Sea coincidencia o no lo sea, éste es el único libro de la Biblia hebrea que no menciona el nombre de Dios.

A los estudiosos les resulta más fácil tratar con los textos bíblicos que con los no bíblicos, aunque sólo se hayan conservado pequeños fragmentos de un libro.

El texto bíblico se conoce por copias posteriores que proporcionan una suerte de estructura en la que es posible encajar los fragmentos de Qumrán. También es cierto que esto se puede aplicar a algunos de los textos no bíblicos como, por ejemplo, el Libro de Henoc y el Libro de los Jubileos, que ya conocíamos previamente.

Pero muchos de los textos no bíblicos eran completamente desconocidos antes de su descubrimiento en las cuevas de Qumrán y a menudo es difícil reunir los fragmentos de esos textos en un orden significativo. Los textos no bíblicos son de una variedad notable y cabe subdividirlos de diferentes formas; por ejemplo, por el género literario: himnos y salmos, comentarios bíblicos, literatura sapiencial, textos legales, una carta, pseudoepígrafos ( textos de tipo bíblico, con frecuencia falsamente atribuidos a un gran personaje de los tiempos antiguos como, por ejemplo, Henoc o Noé. [Pseudoepígrafos» es el término protestante equivalente a «apócrifos» en la terminología católica.] ) , una referencia a un tesoro escondido.

Otra forma de subdividirlos consiste en determinar si se trata de textos «sectarios» o no, es decir, si representan los conceptos y las ideas del grupo religioso particular que reunió esta biblioteca.

Parece que algunos textos -los sectarios- reflejan las normas y las creencias de un único grupo o secta de judíos, llamado por los investigadores «secta de Qumrán».

Mas, ¿quiénes formaban esta secta? Según la respuesta habitual, eran los esenios, mencionados no sólo por Flavio Josefo, sino también por Plinio el Viejo (23-79 d.C.) y Filón (c. 20 a.C.- 50 d.C.). Pero otros estudiosos ponen en tela de juicio esta identificación.

" Los que ponen en entredicho la identificación esenia sostienen que, al parecer, los textos llamados sectarios son incoherentes con la doctrina esenia tal como está reflejada en otras fuentes independientes y ni siquiera están de acuerdo entre ellos. Por ejemplo, ¿cómo compaginar las afirmaciones militantes, incluso belicosas, de algunos textos de Qumrán con la idea común de que los esenios eran pacifistas?

Hay otras cuestiones que afectan a las construcciones de Qumrán. ¿Qué relación tienen con los manuscritos? ¿Fueron éstos escritos en ellas? ¿Pertenecía la biblioteca a esos edificios o fueron otras personas - que quizá tuvieran alguna relación con la comunidad de Qumrán o tal vez no - quienes llevaron los manuscritos a las cuevas?

El padre Roland de Vaux, de la École Biblique et Archéologique Frangaise de Jerusalén, que dirigió las excavaciones de Qumrán entre 1951 y 1956, murió en 1971 sin haber escrito un informe final de los trabajos arqueológicos. De Vaux, padre dominico, consideraba las construcciones como una suerte de monasterio.

El profesor Norman Golb, de la Universidad de Chicago, cree que fueron una fortaleza militar.

Los estudiosos que preparan actualmente el informe final de las excavaciones basándose en las notas dejadas por De Vaux sugieren que el lugar pudo haber sido una residencia de invierno, una plantación en el desierto, destinada a jerosolimitanos ricos y quizá poderosos.

El lugar contenía muchos depósitos de agua.- Pero eran todos ellos cisternas de agua potable? Se empleaban algunos para los baños? Si este es el caso, estaban destinados a baños rituales?

De Vaux excavo una parte de un gran cementerio contiguo al lugar y encontró los restos de 2 mujeres y un niño entre las casi mil sepulturas.-

Eran simplemente siervas o destruye este dato la teoría según la cual los monjes que vivian en Qumrán eran célibes y todos los miembros de la comunidad eran varones?

Los siete grandes rollos intactos de la cueva 1 fueron publicados en un periodo razonable, poco despues de pasar a manos de los eruditos – israelíes y norteamericanos.-

Con el paso de los años se publicaron también los textos fragmentarios de otras cuevas ( y los de la cueva l ), excepto los textos fragmentarios de la cueva 4.

Pero los problemas planteados por los textos de la cueva 4 desacreditaron finalmente todo el proyecto de publicación.

La cueva 4 presentó un problema especial desde el principio. Como sucedió con la mayoría de los hallazgos, fueron también los beduinos quienes la descubrieron.

Resultó ser la más rica de todas las cuevas, con más de quinientos manuscritos diferentes, pero todos ellos hechos jirones. En medio de aquella confusión no se recuperó ni un solo manuscrito intacto.

Con todo, este descubrimiento representaba más de las cinco octavas partes de los textos de Qumrán - aproximadamente quinientos, de un total de unos ochocientos manuscritos. Si bien el número de manuscritos distintos encontrados en la cueva 4 está en torno a los quinientos, el número de los fragmentos es mucho mayor: entre diez mil y cien mil según las estimaciones, aunque el cómputo más frecuente considera que los fragmentos hallados en esta cueva fueron quince mil.

En efecto, constituye un rompecabezas gigantesco - o más exactamente quinientos puzzles diferentes en los que falta el noventa por ciento de las piezas. Pero pudo haber sido aún peor. Si los beduinos que descubrieron la cueva 4 hubieran vendido los fragmentos a diferentes personas en el mercado de antigüedades, hubiera resultado imposible reunir los fragmentos en un solo lugar, y los estudiosos no habrían podido nunca trabajar con las piezas recuperadas de los rompecabezas.

A fin de evitarlo, se llegó a un acuerdo con los beduinos a principios de la década de 1950, consistente en comprarles los fragmentos de la cueva 4 a un dinar jordano por centímetro (5,60 doláres de entonces).

El dinero para comprar los fragmentos lo aportó un grupo de escuelas llamadas «nacionales» -es decir, escuelas extranjeras de Jerusalén oriental dedicadas a la investigación arqueológica y bíblica -.

Entre los colaboradores se encontraban los franceses, los norteamericanos, los ingleses y los alemanes. También el Vaticano proporcionó fondos. Se acordó que, una vez fueran reunidos los fragmentos en documentos distintos y, después de publicados, se distribuyeran los originales entre las diferentes escuelas nacionales que habían proporcionado los fondos para comprarlos.

De esta forma el contenido del descubrimiento no se desperdigó y fue reunido en lo que a la sazón era un museo privado en Jerusalén, el Palestine Archacological Muscum (actualmente Museo Rockefeller).

Para trabajar con los textos, se reunió un equipo internacional de jóvenes investigadores bajo auspicios jordanos, ya que entonces Jordania controlaba lo que actualmente llamamos Cisjordania, donde se encontraron los manuscritos, y también Jerusalén oriental, donde se reunió el contenido de las cuevas. El equipo no debía incluir ningún Judío y se encomendó al padre De Vaux la tarea de reunirlo. El miembro alemán del 0. Claus Hunzinger, dimitió pronto, dejando un equipo de siete jóvenes investigadores, la mayoría de ellos religiosos católicos que comenzaron a trabajar reuniendo la piezas de los puzzles.

El trabajo se realizó en una larga sala del museo que llamaban Scrollery («sala de los rollos»). Actualmente consideraríamos horribles algunas de las condiciones en que trabajaron, pero era otra época. Apenas se hicieron esfuerzos por impedir el deterioro de los fragmentos. No se estableció ninguna documentación de los fragmentos originales en su estado primitivo. Algunas fotografías muestran a los jóvenes investigadores - el mayor de ellos tenía treinta y dos años - trabajando en una sala con las ventanas abiertas y el sol entrando a raudales, con los fragmentos en las manos mientras fumaban.  Cuando se esforzaban por reagrupar los fragmentos en documentos distintos y por localizar fragmentos que podían servir para unirlos, todos ellos se sentían libres para desplazar los fragmentos bajo las láminas de cristal.

A finales de la década de 1950 el equipo de estudiosos había completado en gran parte la tarea de reunir los fragmentos. Digo «completado en gran parte» porque la tarea de reunir los fragmentos no terminará nunca; siempre será posible mejorarla.

La generación siguiente de investigadores encontrará siempre nuevas conexiones. De hecho, el equipo actual de estudiosos continúa mejorando el trabajo de la generación precedente. Una vez que los miembros del equipo original reunieron los fragmentos de esta forma en documentos distintos, se distribuyeron los quinientos textos diferentes entre ellos para publicarlos.

Como vemos en retrospectiva, fue un acto de enorme orgullo y avaricia. Resulta claro que asumieron más trabajo que el que podían realizar en toda su vida.

Sólo un investigador del equipo, el inglés John M. Allegro, publicó su lote completo, pero su trabajo es tan deficiente que un artículo que lo corrige es más largo que la publicación original. No obstante, Allegro publicó efectivamente los textos, cosa que no se puede decir de ningún otro de los miembros del equipo.

A finales de la década de 1950 el equipo consiguió transcribir los textos copiando simplemente los caracteres de una forma fácilmente legible, como se haría para estudiar un documento escrito con mala letra o con el estilo del siglo XVIII.

En el caso de los fragmentos de Qumrán a menudo es difícil descifrar los caracteres - no tanto porque al principio fueran difícilmente legibles, sino por los estragos del tiempo.

Una vez que los trabajos de transcripción estuvieron casi concluidos, se asignó a otros cuatro jóvenes investigadores la tarea de preparar una concordancia de los textos no bíblicos, estableciendo la lista de todas las palabras del texto indicando el documento en el que aparecían, la columna, la línea y las palabras contiguas. Esta concordancia se ha convertido en un instrumento inapreciable para todos los que han emprendido el trabajo de traducir y comprender estos textos hebreos y arameos ordinariamente difíciles.

Ésta es la historia del equipo de la cueva 4 hasta aproximadamente 1960.

Durante los tres decenios siguientes este grupo llegó a publicar menos de un centenar de los quinientos textos - es decir, el veinte por ciento de la parte que se les había asignado -.

Los cuatrocientos textos no publicados representan aproximadamente la mitad del número total de los manuscritos de Qumrán. De acuerdo con una convención del mundo de los eruditos que no está escrita en ninguna parte -y ni siquiera se menciona por escrito-, el estudioso a quien se asigna la publicación de un texto tiene un control total sobre él. Puede tenerlo tanto tiempo como desee antes de publicarlo. Los interesados pueden verlo sólo con su autorización. A nadie más se le permite divulgar el texto.

El equipo de la cueva 4 afirmó estos «derechos de publicación» con creces.

Algunos de los miembros del grupo original murieron y «legaron» sus «derechos de publicación» a colegas de su confianza que, a su vez, ejercieron el derecho de excluir a otros y rechazaron las peticiones presentadas por estudiosos exteriores para consultar diferentes textos. Algunos miembros del equipo «dieron» incluso textos a sus discípulos que preparaban sus tesis doctorales, mientras excluían a investigadores más reputados.

Con el paso de los años aumentó el descontento de los estudiosos excluidos. En 1977, uno de ellos, el profesor Geza Vermes de Oxford, hizo esta predicción actualmente célebre: el proyecto de publicación de los manuscritos del Mar Muerto se convertirá en «el escándalo académico por excelencia del siglo xx». Diez años después, Vermes comentó que lo que había previsto se había hecho realidad.